Come si è già accennato, il bambino con MMC può presentare alla nascita delle malformazioni ortopediche alla colonna vertebrale e agli arti inferiori. Anche nei casi in cui ciò non accada esiste sempre il rischio che le deformità ortopediche compaiano in seguito per gli squilibri muscolari e il carico.
Solo in rari casi alcune deformità possono essere sfruttate per facilitare la stazione eretta e la deambulazione; purtroppo in genere compromettono più o meno gravemente la funzionalità degli arti. È quindi necessaria una valutazione globale e periodica dell'apparato locomotorio per garantire il massimo dell'autonomia funzionale.
L'anca ad esempio può presentare una lussazione, oppure una limitazione della normale escursione articolare; le ginocchia possono essere bloccate in flessione e i piedi essere limitati nei movimenti oltre che per il deficit muscolare anche per reazioni capsulari e legamentose o deformità ossee.
Quando è possibile si cerca di svolgere un intervento preventivo con apparecchiature ortopediche idonee, studiate cioè accuratamente caso per caso; altrimenti si impone l'intervento chirurgico.